NSA: Wniosek o stwierdzenie nadpłaty a wszczęcie postępowania

W przypadku zakwestionowania prawidłowości skorygowanej deklaracji podatkowej złożonej wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, zgodnie z art. 75 § 3 Ordynacji podatkowej, organ podatkowy nie ma obowiązku przed rozpatrzeniem tego wniosku wszczynać w każdej sprawie postępowania celem określenia wysokości zobowiązania podatkowego, o którym mowa w art. 21 § 3 ww. ustawy - orzekł Naczelny Sąd Administracyjny.

SENTENCJA

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Marek Zirk-Sadowski, Sędzia NSA Stefan Babiarz, Sędzia NSA Jacek Brolik (sprawozdawca), Sędzia NSA Bogusław Dauter, Sędzia NSA Ludmiła Jajkiewicz (współsprawozdawca), Sędzia NSA Hanna Kamińska, Sędzia NSA Barbara Stukan - Pytlowany, Protokolant Maja Fabrowska, starszy asystent sędziego, po rozpoznaniu w dniu 27 stycznia 2014 r. na posiedzeniu jawnym w Izbie Finansowej z udziałem Prokuratora Prokuratury Generalnej Lucjana Nowakowskiego zagadnienia prawnego przekazanego przez Prezesa Naczelnego Sądu Administracyjnego wnioskiem z dnia 8 lipca 2013 r., BO-4660-47/13, o podjęcie uchwały wyjaśniającej:

"Czy w przypadku zakwestionowania przez organ podatkowy prawidłowości skorygowanej deklaracji podatkowej złożonej wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, zgodnie z art. 75 § 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2012 r. poz. 749 ze zm.), w brzmieniu obowiązującym od dnia 1 stycznia 2003 r., organ podatkowy przed rozpatrzeniem tego wniosku powinien wszcząć z urzędu postępowanie podatkowe celem określenia wysokości zobowiązania podatkowego, o którym mowa w art. 21 § 3 tej ustawy?"

podjął następującą uchwałę:

W przypadku zakwestionowania prawidłowości skorygowanej deklaracji podatkowej złożonej wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, zgodnie z art. 75 § 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2012 r., poz. 749 ze zm.), organ podatkowy nie ma obowiązku przed rozpatrzeniem tego wniosku wszczynać w każdej sprawie postępowania celem określenia wysokości zobowiązania podatkowego, o którym mowa w art. 21 § 3 wymienionej ustawy.

UZASADNIENIE

Wnioskiem z dnia 8 lipca 2013 r. Prezes Naczelnego Sądu Administracyjnego, na podstawie art. 36 § 1 i 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. - Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. nr 153, poz. 1269 ze zm.) oraz art. 264 § 2 w związku z art. 15 § 1 pkt 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2012 r., poz. 270 ze zm. - p.p.s.a.), wystąpił o podjęcie uchwały wyjaśniającej: "Czy w przypadku zakwestionowania przez organ podatkowy prawidłowości skorygowanej deklaracji podatkowej złożonej wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, zgodnie z art. 75 § 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2012 r. poz. 749 ze zm.; dalej: O.p.), w brzmieniu obowiązującym od dnia 1 stycznia 2003 r., organ podatkowy przed rozpatrzeniem tego wniosku powinien wszcząć z urzędu postępowanie podatkowe celem określenia wysokości zobowiązania podatkowego, o którym mowa w art. 21 § 3 tej ustawy?"

W uzasadnieniu wniosku wskazano, że w orzecznictwie sądów administracyjnych występuje rozbieżność poglądów w zakresie dwóch zagadnień. Po pierwsze, czy organ podatkowy przy rozpoznawaniu wniosku o stwierdzenie nadpłaty w przypadku zakwestionowania korekty deklaracji podatkowej stanowiącej załącznik do tego wniosku zanim wypowie się co do jego zasadności, każdorazowo zobowiązany jest przeprowadzić postępowanie podatkowe w zakresie określenia prawidłowej wysokości zobowiązania podatkowego i wydać decyzję, o której mowa w art. 21 § 3 O.p. Po drugie, czy złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty zgodnie z wymogami określonymi m.in. w art. 75 § 3 O.p. wywołuje skutek w postaci wszczęcia postępowania podatkowego, o którym mowa w dziale IV O.p,, czy też organ podatkowy musi dokonać wszczęcia takiego postępowania z urzędu na podstawie art. 165 § 1 O.p.

Dalej zauważono, że w art. 72 § 1 O.p, ustawodawca wymienia, jakie kwoty uważa się za nadpłatę. W katalogu tym wskazano na nadpłacony lub nienależnie zapłacony podatek (pkt 1). W piśmiennictwie, dotyczącym tej problematyki, przyjmuje się, że termin "nadpłacony lub nienależnie zapłacony podatek" oznacza powiązanie skutków prawnych z dokonaniem określonej oceny danej sytuacji prawnej, przy czym nadpłata jako zdarzenie prawne powstanie w chwili, w której można uznać sprecyzowane przez ustawodawcę przesunięcie majątkowe za prawnie nieuzasadnione (M. Ślifirczyk, Nadpłata podatku, Kraków 2005 r., s. 210-211). Nadpłatę definiuje się także, jako nienależne świadczenie publicznoprawne, spełnione w związku z realizacją zobowiązaniowego stosunku prawnego (R. Mastalski, Prawo podatkowe, Warszawa 2006, s. 219). Zdaniem wnioskodawcy, w oparciu o powyższe rozważania można dojść do wniosku, że istota nadpłaty, to nienależność świadczenia, albo jego nadmierność. Nienależność, rozumiana jest jako świadczenie pieniężne, które nie powinno być w ogóle naliczone, czyli na podatniku nie ciążył w ogóle obowiązek podatkowy, bądź też obowiązek ten nie przekształcił się w zobowiązanie podatkowe, Natomiast nadmierność, wiąże się z istnieniem świadczenia co do zasady należnego, ale w kwocie niższej,

Następnie w uzasadnieniu sformułowano i usystematyzowano te odrębności w orzecznictwie sądów administracyjnych, które budzą wątpliwości interpretacyjne w zakresie objętym wnioskiem o podjęcie uchwały. Stopień zróżnicowania treści tych orzeczeń jest niekiedy tak nieznaczny, że trudno jest wyodrębnić wyraźne różnice w prezentowanych przez poszczególne składy orzekające poglądach. Niemniej jednak - jak pokreślił Prezes NSA - Naczelny Sąd Administracyjny sam zwrócił uwagę na występowanie w orzecznictwie sądów administracyjnych dwóch odrębnych stanowisk co do rozpoznawania wniosków w przedmiocie nadpłaty (por. wyroki z dnia 10 grudnia 2010 r., sygn. akt II FSK 1412/09; z dnia 14 lutego 2013 r., sygn. akt II FSK 279/12). W wyroku z dnia 10 grudnia 2010 r. sygn. akt II FSK 1412/09, Naczelny Sąd Administracyjny przedstawił orzecznictwo dotyczące tej problematyki i wyraźnie wskazał dwa jego nurty. W związku z tym uznał, że należy zaprezentować podstawowe tezy wraz z ich uzasadnieniem.

Sąd wskazał, co następuje.

Według pierwszego poglądu, dla którego za reprezentatywną może być uznana seria wyroków Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 22 lutego 2007 r. (II FSK 345/06, 346/06 oraz 363/06 publ, CBOSA), nie jest możliwe orzekanie przez organy podatkowe w sprawie stwierdzenia nadpłaty (pozytywnie lub negatywnie dla wnioskodawcy) bez uprzedniego określenia podatnikowi wysokości zobowiązania podatkowego, przy czym dwie odrębne procedury podatkowe: pierwsza, odnosząca się do określenia zobowiązań podatkowych (art. 21 § 3 Ordynacji podatkowej) oraz druga, w sprawie stwierdzenia nadpłaty (art. 75 § 1 Ordynacji podatkowej), nie wykluczają się wzajemnie, lecz uzupełniają. Natomiast w wyrokach z dnia 19 grudnia 2007 r., sygn. akt II FSK 1242/06, z dnia 20 marca 2009 r., sygn. akt II FSK 1893/07 oraz z dnia 18 listopada 2008 r., sygn. akt II FSK 1205/07 (publ. CBOSA), Naczelny Sąd Administracyjny ocenił, że postępowanie prowadzone na podstawie art. 21 § 3 O. p. ma szerszy zakres przedmiotowy, niż postępowanie w sprawie stwierdzenia nadpłaty podatku. Zakres przedmiotowy postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty podatku wyznacza bowiem treść wniosku podatnika, a jego istotą jest ustalenie, czy podatek został pobrany nienależnie lub w wysokości wyższej, niż wynika to z przepisów prawa. Podejmowane w jego wyniku rozstrzygnięcie organu podatkowego nie określa zatem zobowiązania podatkowego, co nie wyklucza wydania przez ten organ (równolegle lub później) odrębnej decyzji o takim charakterze. Z kolei celem postępowania prowadzonego w oparciu o przepis art. 21 § 3 O. p. jest ustalenie, czy podatnik w złożonej deklaracji prawidłowo obliczył wymiar podatku.

Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego w przypadku prowadzenia postępowania w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty oraz postępowania w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego nie zachodzi tożsamość spraw, a przyjęcie poglądu przeciwnego prowadziłoby do wniosku, iż w przypadku dopatrzenia się podstaw do wydania decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego po podjęciu decyzji stwierdzającej nadpłatę podatku, organ podatkowy powinien najpierw pozbawić tę ostatnią mocy prawnej w odpowiednim trybie nadzwyczajnym, co raziłoby niezrozumiałym formalizmem oraz podważałoby logikę konstrukcji ukształtowanych przepisami art. 21 § 3 i art. 75 O.p. Z kolei kolejny pogląd uznaje tożsamość spraw, których przedmiotem jest określenie wysokości zobowiązania podatkowego, jak i spraw, których przedmiotem jest stwierdzenie nadpłaty.

W reprezentatywnym dla tego kierunku rozumowania wyrokach Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 1 marca 2006 r, sygn. akt II FSK 391/05, z dnia 7 grudnia 2007 r., sygn. akt II FSK 1391/06 oraz z dnia 7 lutego 2008 r., sygn. akt II FSK 1362/06 (publ. CBOSA), stwierdzono, że unormowany w art. 79 § 1 O.p. zakaz wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty w czasie toczącego się postępowania podatkowego - w zakresie zobowiązań podatkowych, których dotyczy to postępowanie - wynika z przyjęcia przez ustawodawcę, iż rezultat postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty, gdy toczy się postępowanie zmierzające do określenia należnego za dany okres zobowiązania podatkowego, mógłby powodować wprowadzenie do obiegu prawnego dwóch decyzji w tej samej sprawie, bowiem w obu przypadkach organ podatkowy określa prawidłową wysokość zobowiązania podatkowego i porównuje ją z dokonanym przez podatnika samoobliczeniem. W prezentowanym wyroku (sygn. akt) II FSK 1412/09 Naczelny Sąd Administracyjny przychylił się do pierwszego z przywołanych poglądów i podniósł, że "zakres rozstrzygnięcia organu podatkowego w sprawie o stwierdzenie nadpłaty, wynikający z treści wniosku oraz z treści skorygowanej deklaracji podatkowej, nie pokrywa się z zakresem rozstrzygnięcia w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego, co wyklucza możliwość uznania tożsamości tych spraw. Przedmiotem oceny w postępowaniu podatkowym, określającym zobowiązanie podatkowe, muszą być wszystkie elementy konstrukcyjne tego zobowiązania, podczas gdy zakresem oceny w sprawie stwierdzenia nadpłaty jest z reguły tylko jeden z wycinków tego zobowiązania. Ponadto, ponieważ w Ordynacji podatkowej brak przepisu wprowadzającego zakaz wszczynania postępowania w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego czy to w trakcie, czy to po zakończeniu postępowania w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty, wydanie decyzji w sprawie nadpłaty nie oznacza, że nie jest możliwe wydanie kolejnej decyzji stwierdzającej zaległość podatkową, natomiast wydanie decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego uniemożliwia wszczęcie postępowania o stwierdzenie nadpłaty dopóty, dopóki w obrocie prawnym pozostaje pierwotna decyzja określająca wysokość zobowiązania podatkowego".

Natomiast w wyroku z dnia 14 lutego 2013 r., sygn. akt II FSK 279/12, Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że "konieczność wszczęcia postępowania w celu określenia wymiaru zobowiązania podatkowego po złożeniu, a przed rozpoznaniem wniosku strony o stwierdzenie nadpłaty, budzi w orzecznictwie sądów administracyjnych, w tym także Naczelnego Sądu Administracyjnego, wątpliwości, skutkujące rozbieżnością. Według jednego poglądu, prezentowanego w tym wyroku i w wyrokach Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 14 kwietnia 2011 r., sygn. akt II FSK 1975/09 (LEX nr 1081281) oraz z dnia 22 lutego 2007 r., sygn. akt II FSK 345/06 (LEX nr 216725), uznaje się, że postępowanie w sprawie określenia zobowiązania podatkowego ma charakter procedury pierwotnej w stosunku do postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty. To drugie powinno być zawsze poprzedzone postępowaniem, w którym zostanie określone zobowiązanie podatkowe, a dopiero wynik postępowania wymiarowego pozwoli na rozstrzygnięcie o nadpłacie. Według drugiego poglądu, który Sąd podzielił, złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty nie wymaga uprzedniego wydania rozstrzygnięcia o wysokości zobowiązania podatkowego (tak też w wyrokach Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 29 listopada 2011 r., sygn. akt II FSK 1102/10, LEX 1151259, z dnia 9 grudnia 2011 r., sygn. akt II FSK 1161/11, LEX nr 1128953), jeżeli zobowiązanie określone pierwotnie jest zobowiązaniem określonym prawidłowo.

W dalszej części wniosku powołano orzeczenia, w których Naczelny Sąd Administracyjny wypowiedział się za każdorazowym wcześniejszym wydawaniem decyzji, o której mowa w art. 21 § 3 O.p. w sytuacji zakwestionowania przez organ podatkowy wysokości zobowiązania podatkowego wynikającego ze skorygowanej deklaracji podatkowej dołączonej do wniosku o stwierdzenie nadpłaty, o którym mowa w art. 75 O.p.

W wyroku z dnia 22 lutego 2007 r., sygn. akt II FSK 345/06, Naczelny Sąd Administracyjny wywiódł tezę, że "nie jest możliwe orzekanie przez organy podatkowe w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych (pozytywnie lub negatywnie dla wnioskodawcy), bez uprzedniego określenia podatnikowi wysokości zobowiązania podatkowego. Decyzja wydana przez organ podatkowy i instancji w sprawie nadpłaty, musi uwzględniać sentencję rozstrzygnięcia w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego i z pewnością rozstrzygnięcie to, będzie w konsekwencji miało wpływ na treść rozstrzygnięcia w sprawie nadpłaty i jego podstawę prawną." Naczelny Sąd Administracyjny wyraźnie stanął zatem na stanowisku, że organ podatkowy każdorazowo zobowiązany jest wydać decyzję, o której mowa w art. 21 § 3 O.p., zanim wypowie się w przedmiocie wniosku o stwierdzenie nadpłaty.

Z kolei w wyroku z dnia 14 kwietnia 2011 r., sygn. akt II FSK 1975/09, Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że "(...) kwestionowanie przez organy podatkowe faktu zaistnienia nadpłaty, nie może odbyć się bez zakwestionowania wysokość zobowiązania podatkowego. W związku z tym należy przyjąć, że postępowanie w sprawie określania zobowiązań podatkowych ma charakter procedury zasadniczej (pierwotnej), w stosunku do postępowania o stwierdzenie nadpłaty. Dlatego też, gdy wnioskodawca wszczyna postępowanie w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku, w którym zobowiązanie podatkowe w stosunku do niego powstało z mocy prawa, postępowanie z wniosku o stwierdzenie nadpłaty ma charakter wtórny, czyli powinno być poprzedzone przeprowadzeniem postępowania w sprawie określenia zobowiązania podatkowego. Podkreślić przy tym należy, że z żadnej regulacji Ordynacji podatkowej nie wynika zakaz wszczynania postępowania podatkowego w sprawie określenia zobowiązania podatkowego w trakcie wszczętego postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty. Co prawda w art. 79 § 1 O. p. ustawodawca wprowadza zakaz, ale dotyczy on procedur wszczętych w innej kolejności, niż wyżej opisana. Przepis ten stanowi bowiem, że postępowanie w sprawie stwierdzenia nadpłaty nie może zostać wszczęte w czasie trwania postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej oraz w okresie między zakończeniem kontroli a wszczęciem postępowania - w zakresie zobowiązań podatkowych, których dotyczy postępowanie lub kontrola. Zasada wyrażona w tym przepisie dodatkowo potwierdza powołane wyżej racje wskazujące na zasadniczy charakter postępowania w sprawie określania zobowiązania podatkowego, w stosunku do postępowania o stwierdzenie nadpłaty. Naczelny Sąd Administracyjny w powyższym orzeczeniu zaakcentował konieczność uprzedniego rozstrzygnięcia o wysokości zobowiązania podatkowego w przypadku, kiedy organ podatkowy kwestionuje wysokość kwoty nadpłaty wskazanej przez podatnika.

Następnie przytoczono wyroki, w których Naczelny Sąd Administracyjny wypowiedział się przeciwko każdorazowemu, obowiązkowemu i wcześniejszemu wydawaniu przez organy podatkowe decyzji z art. 21 § 3 O.p. przed rozpoznaniem wniosku o stwierdzenie nadpłaty, o którym mowa w art. 75 O.p.

W wyroku z dnia 18 listopada 2008 r., sygn. akt II FSK 1205/07, Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że w postępowaniu o stwierdzenie nadpłaty przedmiot i zakres postępowania determinuje treść art. 72 i n. O.p. Gdy stwierdzenia nadpłaty żąda podatnik, którego zobowiązanie podatkowe powstało w sposób określony w art. 21 § 1 pkt 1 O.p, organy podatkowe winny zatem zbadać, w zależności od treści wniosku, czy istotnie doszło do zapłaty przez stronę podatku nienależnie czy też w wysokości wyższej od należnej. W postępowaniu dowodowym winny wyjaśnić fakty mające znaczenie dla rozstrzygnięcia, a więc przede wszystkim, czy strona w ogóle zobowiązana była do zapłaty podatku (czy istniał obowiązek podatkowy, czy strona była podatnikiem tego podatku, czy była zwolniona z podatku lub zaniechano w stosunku do niej jego poboru), a jeżeli strona zobowiązana była do zapłaty podatku, czy został on zapłacony w wysokości wynikającej z przepisów prawa, czy też wyższej. W tym ostatnim przypadku może się okazać, iż konieczna będzie weryfikacja korekty deklaracji złożonej wraz z wnioskiem i sprawdzenie, czy wynikające z niego zobowiązanie podatkowe obliczone zostało przez podatnika prawidłowo. Wysokość zobowiązania podatkowego może bowiem mieć znaczenie dla ustalenia, czy podatek został uiszczony w wysokości wyższej niż należna. Ustalenie prawidłowej wysokości zobowiązania podatkowego stanowi w tym postępowaniu część ustaleń faktycznych, niezbędnych dla załatwienia sprawy. Kwestia ta nie może jednak być w sposób władczy rozstrzygnięta przez organ podatkowy w postępowaniu wszczętym wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, nie wynika ona bowiem ani z treści żądania strony, ani z podstawy prawnej tego żądania.

Przepisy rozdziału 9 działu III Ordynacji podatkowej nie dają też organom podatkowym uprawnienia do określenia decyzją zobowiązania podatkowego w ramach postępowania o stwierdzenie nadpłaty. Przeciwnie, zmieniając Ordynację podatkową (od 1 stycznia 2003 r.), ustawodawca w sposób jednoznaczny wskazał na odrębność postępowań dotyczących określenia zobowiązania podatkowego i stwierdzenia nadpłaty, wprowadzając zakaz wszczynania postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty w czasie trwania postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej oraz w okresie między zakończeniem kontroli a wszczęciem postępowania - w zakresie zobowiązań podatkowych, których dotyczy postępowanie lub kontrola (art. 79 § 1 O.p.) oraz rezygnując z nałożenia na organ podatkowy obowiązku stwierdzenia nadpłaty w toku postępowania podatkowego mającego na celu weryfikację prawidłowości obliczenia zobowiązania podatkowego przez podatnika (art. 21 § 3 O.p), nakazuje mu jedynie określenie zobowiązania podatkowego, gdy podatnik nie zapłacił podatku, nie złożył deklaracji albo gdy wysokość zobowiązania jest inna niż wskazana w deklaracji. Przepisy ustawy nie zakazują jednocześnie organowi wszczęcia postępowania podatkowego w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego po złożeniu wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Umożliwia to organom, w sytuacji gdy stwierdzą w toku postępowania wszczętego wnioskiem strony, iż zobowiązanie podatkowe zostało przez nią wykazane w deklaracji w wysokości nieprawidłowej (zaniżonej), wszczęcie z urzędu odrębnego postępowania podatkowego oraz wydanie decyzji, o której mowa w art. 21 § 3 O.p. Jeżeli decyzja taka zostanie wydana przed rozstrzygnięciem wniosku o stwierdzenie nadpłaty, jej treść niewątpliwie będzie miała wpływ na treść decyzji w przedmiocie nadpłaty. Gdy postępowanie wszczęte wnioskiem strony zakończone zostanie wcześniej (biorąc pod uwagę terminy załatwienia spraw (art. 139 O.p.) i brak jest podstaw do zawieszenia tego postępowania do czasu zakończenia postępowania wymiarowego (art. 201 § 1 O.p.), organ uwzględni w nim ustalenia dokonane w toku postępowania dowodowego i na tej podstawie określi konsekwencje prawne tych faktów zgodnie ze stosowaną normą prawną.

Konkludując stwierdzić należy, iż w stanie prawnym obowiązującym po 1 stycznia 2003 r. w postępowaniu wszczętym wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty niedopuszczalne jest określenie w decyzji wysokości zobowiązania podatkowego. Podkreślono, że Sąd w niniejszym wyroku wyraźnie wskazał, iż organ podatkowy wydając decyzję w oparciu o art. 75 O.p. nie może w niej wypowiedzieć się w przedmiocie wysokości zobowiązania podatkowego. Decyzja, o której mowa w art. 21 § 3 O.p., może zostać wydana w następstwie postępowania przeprowadzonego odrębnie od postępowania "nadpłatowego" wyłącznie w takiej sytuacji, gdy organy podatkowe stwierdzą, że podatek wykazany w deklaracji podatkowej został przez podatnika obliczony w nieprawidłowej wysokości. W przeciwnym razie taka decyzja nie powinna zaistnieć. Uzasadnia to tym samym pogląd, że nie w każdym przypadku wystąpi decyzja "wymiarowa" przy rozpoznawaniu wniosku o stwierdzenie nadpłaty, albowiem w sytuacji ustalenia przez organy podatkowe, że pierwotna wysokość zobowiązania podatkowego jest prawidłowa nie będzie podstawy do jej wydania.

W prawomocnym wyroku z dnia 12 lutego 2008 r., sygn. akt I SA/Gl 905/07, WSA w Gliwicach wywiódł, że postępowanie w sprawie stwierdzenia nadpłaty i postępowanie w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego to dwa odrębne tryby postępowania podatkowego. Pierwsze z nich wszczynane jest na wniosek, a drugie z urzędu. Należy zgodzić się z utrwalonym w orzecznictwie sądowoadministracyjnym poglądem, że nie mogą toczyć się dwa odrębne postępowania dotyczące tego samego okresu rozliczeniowego, to jest postępowanie podatkowe i postępowanie w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty podatku. Na skutek złożonego wniosku, o ile nie trwa postępowanie podatkowe dotyczące takiego zobowiązania, dochodzi do wszczęcia postępowania w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty i w jego wyniku. w przypadku gdy nie istnieje decyzja określająca to zobowiązanie lub nie toczy się postępowanie w takiej sprawie, organ podatkowy wydaje decyzję, w której weryfikuje samoobliczenie, to znaczy stwierdza lub odmawia stwierdzenia nadpłaty.

W wyroku z dnia 28 marca 2013 r., sygn. akt II FSK 1558/11, Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że złożenie przez podatnika wniosku o stwierdzenie nadpłaty powoduje wszczęcie postępowania podatkowego, którego ramy zakreśla żądanie wniosku. Organ podatkowy w postępowaniu toczącym się na wniosek nie ma nie tylko obowiązku, ale też i prawa do. określenia zobowiązania podatkowego na podstawie art. 21 § 3 O.p.. Jeżeli stwierdzi w toku tego postępowania, że zobowiązanie zostało określone przez podatnika w pierwotnej deklaracji w nieprawidłowej wysokości, wówczas powinien wszcząć odrębne postępowanie w przedmiocie określenia tego zobowiązania. Jeżeli natomiast postępowanie zmierzające do stwierdzenia nadpłaty nie wskazuje na istnienie podstaw do zakwestionowania obliczenia zobowiązania przez podatnika, a jedynie jego żądanie stwierdzenia nadpłaty jest niezasadne, organ winien ograniczyć się do odmowy stwierdzenia nadpłaty (por. wyrok NSA z dnia 20 stycznia 2012 r., sygn. akt II FSK 1359/10, wyrok NSA z dnia 13 lipca 2012 r., sygn. akt I FSK 23/11, wyrok NSA z dnia 14 września 2012 r., sygn. akt II FSK 296/11, wyrok WSA w Kielcach z dnia 8 sierpnia 2012 r., sygn. akt I SA/Ke 266/12 r., wyrok WSA w Warszawie z dnia 22 października 2012 r., sygn. akt III SA/Wa 2511/12)".

W wyroku z dnia 13 lipca 2012 r., sygn. akt I FSK 23/11, Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że celem postępowania o zwrot nadpłaty (stwierdzenie nadpłaty) i postępowania podatkowego za ten sam okres jest ustalenie prawidłowej wysokości zobowiązania. Ze względu na przedmiotową tożsamość obu tych postępowań w art. 79 § 1 Ordynacji podatkowej wprowadzono zakaz wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty w czasie toczącego się postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej oraz w okresie między zakończeniem kontroli, a wszczęciem postępowania - w zakresie zobowiązań podatkowych, których dotyczy postępowanie lub kontrola. Jak trafnie zauważył Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 1 marca 2006 r. sygn. akt II FSK 391/05 regulacja zawarta w art. 79 § 1 Ordynacji podatkowej wskazuje, że prowadzenie jednocześnie obu tych postępowań mogłoby doprowadzić do wprowadzenia do obiegu prawnego dwóch decyzji w tej samej sprawie. Jeżeli wskutek wniosku podatnika o zwrot nadpłaty (stwierdzenia nadpłaty) i w związku z weryfikacją tego wniosku oraz korekty deklaracji doszło do wszczęcia postępowania podatkowego, to odmowa zwrotu nadpłaty (odmowa stwierdzenia nadpłaty) i stwierdzenie, że wysokość zobowiązania podatkowego jest tożsama z wysokością wykazaną przez podatnika w pierwotnie złożonej dekla...