Z uzasadnienia: W przypadku gdy jednocześnie toczy się kontrola podatkowa oraz weryfikacja zasadności zwrotu różnicy podatku - toczą się dwa niezależne od siebie postępowania, zatem postanowienie wydane w ramach czynności sprawdzających pozostaje nadal skuteczne i to nawet w przypadku, gdy po zakończeniu kontroli podatkowej, wszczęte zostaje postępowanie podatkowe.

SENTENCJA

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Danuta Oleś, Sędzia NSA Marek Kołaczek, Sędzia WSA del. Ewa Rojek (sprawozdawca), Protokolant Katarzyna Łysiak, po rozpoznaniu w dniu 12 grudnia 2018 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej A. sp. z o.o. z siedzibą w W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 22 czerwca 2018 r., sygn. akt III SAB/Wa 52/17 w sprawie ze skargi A. sp. z o.o. z siedzibą w W. na bezczynność Naczelnika Urzędu Skarbowego [...] w przedmiocie zwrotu podatku od towarów i usług za grudzień 2016 . 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od A. sp. z o.o. z siedzibą w Warszawie na rzecz Naczelnika Urzędu Skarbowego [...] kwotę 360 (słownie: trzysta sześćdziesiąt) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.

UZASADNIENIE

1. Zaskarżonym wyrokiem z 22 czerwca 2018 r. sygn. akt III SAB/Wa 52/17 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, działając na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2017 r., poz. 1369 ze zm.), dalej: p.p.s.a., oddalił skargę A. sp. z o.o. z siedzibą w W. (dalej: "spółki") na bezczynność Naczelnika Urzędu Skarbowego W. w przedmiocie zwrotu podatku od towarów i usług za grudzień 2016 r.

2.1 W skardze kasacyjnej od powyższego wyroku spółka wniosła o jego uchylenie i rozpoznanie skargi, ewentualnie o uchylenie wyroku i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Warszawie. Na podstawie art. 174 pkt 2 p.p.s.a. zarzuciła naruszenie przepisów postępowania, które miało istotny wpływ na wynik sprawy, tj. naruszenie:

1/. art. 151 p.p.s.a. w związku z art. 149 § 1 pkt 1, 2 i 3 p.p.s.a. i w związku z art. 134 § 1 p.p.s.a. poprzez nieuwzględnienie skargi i uznanie, że Naczelnik Urzędu Skarbowego W. nie pozostawał w bezczynności co do zwrotu skarżącemu podatku VAT za grudzień 2016 r. w kwocie 2.115.000 zł, w sytuacji gdy organ ten w związku z wszczęciem przez Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego w L. kontroli celno-skarbowej nie zakończył formalnie, tj. wydaniem protokołu, czynności sprawdzających i nie podejmował w tym czasie żadnych faktycznych działań weryfikacyjnych, co stanowi ewidentny przejaw bezczynności;

2/. art. 151 p.p.s.a. w związku z art. 149 § 1 pkt 1 i 3 p.p.s.a. związku z art. 3 § 1 i § 2 pkt 8 p.p.s.a. oraz w związku z art. 87 ust. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz. U. z 2017 r., poz. 1221 ze zm.), dalej: ustawy o VAT, oraz w związku z art. 120 Ordynacji podatkowej w związku z art. 134 § 1 p.p.s.a. poprzez:

a) niezasadne uznanie przez sąd l instancji, że Naczelnik Urzędu Skarbowego W. nie pozostawał w bezczynności w sprawie przedłużenia zwrotu VAT za grudzień 2016 r., pomimo, iż w okresie od 8 sierpnia 2017 r. do 25 września 2017 r., z uwagi na zakończenie kontroli celno-skarbowej i niewszczęcie postępowania podatkowego organ podatkowy nie dysponował żadną podstawą prawną, w oparciu o którą uprawniony byłby do przetrzymywania zwrotu VAT;

b) nieuwzględnienie przez sąd I instancji okoliczności, że niemożliwe jest jednoczesne prowadzenie dwóch procedur weryfikacji zasadności zwrotu podatku VAT za grudzień 2016 r. w sprawie tożsamej co do przedmiotu i podmiotu;

3/. art. 141 § 4 p.p.s.a. w związku z art. 134 § 1 p.p.s.a. poprzez sporządzenie przez sąd I instancji niekompletnego, niedostatecznego uzasadnienia skarżonego wyroku, z pominięciem obowiązkowych elementów, tj. podstawy prawnej rozstrzygnięcia i jej wyjaśnienia, a w szczególności:

a) niewyjaśnienie jakie dokładnie przesłanki zaważyły na uznaniu przez sąd I instancji, że możliwe jest jednoczesne prowadzenie weryfikacji rozliczenia podatku VAT za grudzień 2016 r. w dwóch odrębnych trybach, przez dwa różne organy podatkowe;

b) brak w treści uzasadnienia stanowiska sądu I instancji co do pozostawania przez Naczelnika Urzędu Skarbowego W. w bezczynności w zakresie bezzasadnego wstrzymywania zwrotu VAT w okresie od 8 sierpnia 2017 r. do 25 września 2017 r., tj. w okresie pomiędzy zakończeniem przez Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego w L. kontroli celno-skarbowej, a wszczęciem postępowania podatkowego;

4/. art. 134 § 1 p.p.s.a. w związku z art. 3 § 1 p.p.s.a. oraz w związku z art. 3 § 2 pkt 8 p.p.s.a. poprzez ich niezastosowanie i niezauważenie, że w niniejszej sprawie doszło do rażącego naruszenia przepisów prawa materialnego, tj. art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, które co prawda nie były przedmiotem zarzutów, jednakże do wzięcia pod uwagę których sąd I instancji zobligowany był z urzędu (zasada oficjalności), niezależnie od żądań i zarzutów podniesionych w skardze.

Na podstawie przepisu art. 174 pkt...