WSA. Przedłużenie terminu zwrotu jedynie części różnicy VAT dozwolone

1. Treść art. 87 ust. 2 ustawy o VAT dopuszcza przedłużenie terminu zwrotu nie tylko całości ale także części różnicy podatku. Przepisy wskazują jedynie ostateczne terminy, w jakich należy dokonać zwrotu całości należnej kwoty, nie nakazują natomiast, że zwrot musi nastąpić jednorazowo. 2. Jeżeli art. 87 ust. 2 ustawy o VAT nie sprzeciwia się przedłużeniu terminu zwrotu jedynie części różnicy podatku, to postanowienie przedłużające zwrot całości powinno zawierać wskazanie przyczyn, dla których przedłużeniem objęto całość kwoty. Odmienne stanowisko mogłoby prowadzić do nieuzasadnionego przedłużania terminu zwrotu całości różnicy podatku w sytuacji gdy konieczność dodatkowej weryfikacji zwrotu dotyczyłaby jedynie niewielkiej kwoty.

3. Uzasadnienie postanowienia o przedłużeniu terminu dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym powinno zawierać nie tylko konkretne przyczyny dokonania dodatkowej weryfikacji zasadności tego zwrotu i je uzasadniać ale także wskazywać przynajmniej przybliżoną wartość transakcji wymagających dodatkowej weryfikacji.

W kwietniu, maju i czerwcu 2019 r. wpłynęły do Urzędu Skarbowego deklaracje spółki z o.o. dla podatku od towarów i usług VAT-7 odpowiednio za miesiące: marzec, kwiecień, maj 2019 r. W celu zbadania zasadności zadeklarowanego przez spółkę zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym Naczelnik Urzędu Skarbowego kolejno przedłużał termin zwrotu kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za badany okres do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanego w ramach kontroli podatkowej lub postępowania podatkowego. Spółka złożyła zażalenie na kolejne postanowienie Naczelnika, z czerwca 2020 r. Jednak Dyrektor Izby Administracji Skarbowej utrzymał w mocy to postanowienie.

Spółka złożyła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gorzowie Wlkp. W uzasadnieniu spółka wskazała m.in., że do dnia wniesienia skargi (czyli przez półtora roku) organ podatkowy miał możliwość ustalenia stanu faktycznego sprawy i ewentualnego wykazania nieprawidłowości w protokole kontroli, a tymczasem spółka nie zna ostatecznego stanowiska organu w sprawie. Spółce zależy na tym, aby organ kontroli ostatecznie, po ponad rocznej weryfikacji, wypowiedział się czy według organu przysługuje jej zwrot, a jeżeli tak, to w jakiej kwocie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny uznał skargę spółki za zasadną:

W ocenie sądu, treść art. 87 ust. 2 ustawy o VAT dopuszcza przedłużenie terminu zwrotu nie tylko całości ale także części różnicy podatku. Przepisy wskazują jedynie ostateczne terminy, w jaki...